Compete à diretoria a administração da instituição junto à Assembleia Geral e fiscalizada pelo conselho fiscal, conforme rege o Estatuto Social da Cáritas Diocesana de Rondonópolis. A diretoria é eleita pela assembleia geral para um período de dois anos. Para o biênio 2021-2023 a diretoria eleita é assim composta:
Presidente: Manoel Messias de Macêdo
Vice-Presidente: Pe. Mauro Primo Vieira
Tesoureira: Maria Aparecida de Oliveira Rossatto
Vice-Tesoureiro: Vanderlei Lima Pereira
Secretária: Maria Aparecida dos Santos
Vice-Secretária: Sueli Esmério Vilela da Silva
Presidente de Honra: Pe. Lothar Bauchrowitz